Bölüm, Hububat zararlıları, Endüstri ve Süs Bitkileri zararlıları, Meyve ve Bağ zararlıları ile Nematoloji olmak üzere toplam 5 laboratuardan oluşmaktadır. Bu laboratuarlarda enstitü sorumluluk alanına giren illerden gelen zararlı böceklerin teşhisleri yapılmakta beraber gerekli incelemeler yapılarak ekonomik zarar eşiği üzerinde olan zararlılara karşı mücadele yöntemleri belirtilmekte ve raporlar hazırlanmaktadır. Ayrıca bölgedeki kültür bitkilerinde sorun olan zararlıların çözümüne yönelik araştırma projeleri devam etmektedir. Bu projelerden bazıları sonuçlanmış bazıları ise devam etmektedir.

Bölgede yoğun olarak ekilişi bulunan pamukta zararlı Tütün tripsi (Thrips tabaci Lind.) (Thys.: Thripidae)’ne karşı mücadele olanaklarının geliştirilmesi amacıyla 2001-2005 yıllarında Şanlıurfa ve Mardin illerinde bir proje yürütülmüş ve sonuçlanmıştır. Proje ile bu zararlıya karşı alternatif mücadele yöntemleri belirlenmiştir. Yine pamukta diğer bir zararlı olan Creontiades  pallidus ile ilgili zararlının yayılış alanları, bulaşma oranları ve yoğunluğu ile mücadelesine temel teşkil edecek kriterleri belirlemek   amacıyla çalışmalar Güneydoğu Anadolu Bölgesi pamuk alanlarında 2002-2004 yılları arasında yürütülerek sonuçlandırılmıştır. Pamukta zararlılarından biri olan Dikenlikurt’la ilgili, Güneydoğu Anadolu Bölgesinde Pamukta Zararlı Dikenlikurt (Earias insulana Boisd.) (Lep.: Noctuidae)’un Popülasyon Gelişimi, Bulaşıklık Oranı ve Doğal Düşmanlarının Belirlenmesi Üzerinde Araştırmalar isimli proje sonuçlandırılmıştır. Sonuçlanan proje ile zararlının bölgedeki durumu ortaya konulmuştur.

Bölgemiz çok geniş oranda hububat ekilişine sahiptir. Bu amaçla buğdayda zararlı bir tür olan Tripsle ilgili bir proje ele alınmıştır. Proje ile Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde Buğdayda Zararlı Trips Türleri, Yayılış Alanları, Yoğunlukları, Konukçuları, Doğal Düşmanları Ve Bazı Buğday Çeşitlerinin Reaksiyonunun Belirlenmesi ilgili hedeflere ulaşılarak proje sonuçlanmıştır.

Bölgemizin en önemli hububat zararlısı olan süne’ye (Eurygaster integriceps) karşı 2004 yılından beri yer aletleri ile mücadele yapılmaktadır. Bu kapsamda bölge illerinde yürütülen mücadele şubemizde görevli araştırıcılar tarafından koordine edilmektedir.

Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğünce uygulanmakta olan ve DPT destekli Ülkesel süne projesinin bölgesel ayağı enstitümüz Entomoloji şubesince yürütülmektedir. Bu amaçla süne mücadelesinde önemli bir kriter olan Ekonomik Zarar Eşiğinin yeniden belirlenmesi için uygulanan Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde Süne [E.integriceps Put. (Het.:Scutelleridae)]’nin Neden Olduğu Ürün Kayıpları ve Ekonomik Zarar Eşiği Üzerinde Araştırmalar isimli proje, Süne (Eurygaster spp., Het.:Scutelleridae) Mücadelesinde Başarıyı Etkileyen Sosyo-Ekonomik Faktörlerin Araştırılması, süne ile biyolojik mücadele çerçevesinde Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde Yumurta Parazitoiti Trissolcus semistriatus Nees. ( Hym.: Scelionidae) Üretimi ve Salım Çalışmaları, Güneydoğu Anadolu Bölgesinde Süne (Eurygaster integriceps Put.) (Het.:Scutelleridae)’nin Ergin Parazitoit Tachinidae(Dip.) Türlerinin Üretimi ve Salım Çalışmaları ile Süne (Eurygaster spp., Het.:Scutelleridae) Mücadelesinde Başarıyı Etkileyen Sosyo-Ekonomik Faktörlerin Araştırılması isimli 5 adet proje yürütülmekte olup çalışmalar halen devam etmektedir.