Şube Viroloji, Mikoloji ve Bakteriyoloji alt disiplinleri temelinde klasik ve moleküler altyapıya sahip 3 adet laboratuardan oluşmaktadır. Bu laboratuarlarda iç karantina yönü ile Karadeniz ve Doğu Anadolu Bölgeleri’nde yer alan Ağrı, Ardahan, Artvin, Bayburt, Erzincan, Erzurum, Giresun, Gümüşhane, Iğdır, Kars, Ordu, Rize ve Trabzon İllerinden gelen karantina örneklerinin analizleri yapılmaktadır. Ayrıca Doğu ve Güneydoğu Anadolu Bölgeleri’nde yer alan Diyarbakır, Adıyaman, Şanlıurfa, Siirt, Elazığ, Bitlis, Van, Batman, Mardin, Şırnak, Malatya, Bingöl, Hakkari, Muş İllerinden gelen dış karantina ve üretici örneklerinin biotik yada abiotik hastalık etmenleri yönünden laboratuar analizleri  yapılarak gerekli raporları düzenlemektedir. Bunun yanı sıra İstasyon Müdürlüğü sorumluluk sahasında yer alan 14 ildeki ekonomik öneme haiz bitkisel üretim alanlarında  sorun olan hastalık etmenlerinin teşhisi ve çözümüne yönelik Gıda, Tarım ve Hayvancılık İl Müdürlüğü teknik elemanlarına konu ile ilgili hizmetiçi eğitim programları düzenlemekte olup TÜBİTAK, Karacadağ Kalkınma Ajansı ve TAGEM tarafından desteklenen çeşitli araştırma projeleri de yürütmektedir.

Bu projelerle;

1996 yılında Merkez, Birecik, Bozova, Halfeti ve Suruç ilçelerinde antepfıstığı alanlarında surveyler yapılmıştır. Bir üretim mevsimi boyunca yapılan surveylerde, makroskobik ve mikroskobik incelemeler sonunda karazenk (Septoria pistacina All.), meyve ve salkım yanıklığı (Alternaria alternata (Fr.) Keissl.), meyve çürüklüğü (Aspergillus niger Link., Penicillum sp.), solgunluk (Fusarium moniliforme Sheld.) ve pas (Uromyces terebinthi (D.C.) Wint.) hastalıkları belirlenmiştir.

Güneydoğu Anadolu bölgesinde sert çekirdekli meyvelerde zararlı virüs hastalıkları serolojik ve biyolojik yöntemlerle tespit edilmiştir. Bu çalışmayla bölge illerinden toplanan toplam 342 adet örnek 10 adet virüse karşı ELISA testine tabii tutulmuştur. Çalışma sonunda PDV (%9.4), PNRSV (9.4), ApMV (%3.5), ArMV (%2.9), SLRV (%2.6), TBRV (%1.8), ACLSV (%1.4), TNV (%0.9), ve CLRV (%0.6) saptanmıştır.

1998-2000 yılları arasında Güneydoğu Anadolu ( Adıyaman, Diyarbakır, Mardin, Şanlıurfa, Elazığ ) bölgesi ve Nevşehir ili bağ alanlarının sağlık durumunun belirlenmesi amacıyla bağlarda zararlı virüs hastalıkları serolojik ve biyolojik yöntemlerle saptanmıştır.

2000-2003 yılları arasında Diyarbakır, Mardin illeri mercimek ekim alanlarında yapılan sürvey sonucu elde edilen 99 adet fungus izolatının gruplandırılması sonucu bunların 10 farklı türe ait oldukları belirlenmiştir. Bölgede ekilen mercimek çeşitleri içinde, Fırat-87 çeşidi ve bazı hatlar ümitvar bulunmuştur. diğer çeşitler Yerli Kırmızı, Seyran-96 ve Siyah çeşit ise hassas veya çok hassas bulunmuşlardır.

Malatya ve Elazığ illerinde surveyler yapılarak kayısı ağaçlarında kök çürüklüğü ve solgunluğa sebep olan toprak kaynaklı fungal etmenler saptanmıştır. Ağaçlarda görülen kurumaların ve solgunlukların; derin dikim, bitki besleme ve toprak işleme konusunda yapılan yanlışlıklar ve entomolojik sorunlardan kaynaklanabileceği sonucuna varılmıştır. Yine kaysılarda yapılan bir başka çalışmada kurumalara neden olan Cytospora sp. hastalığıyla ilgili survey çalışması devam etmektedir.

Biberlerde Phytophthora capsici Leon. tarafından ortaya çıkan Kök Boğazı Yanıklığı hastalığına, organik madde ve bazalt tüfünün hastalık çıkış oranına etkisi araştırılmıştır.

Pamuk ekim alanlarında önemli bir hastalık olan solgunluk hastalığına karşı bitki besin elementlerinin etkileri tespit edilmiştir. Ülkesel olarak yürütülen ‘Pamuk Çeşitleri Geliştirmede Moleküler Yöntemlerin Kullanılması’ isimli projede V.dahliae’nın patotiplerinin belirlenmesi ve belirlenen patotiplerin en virulent izolatlarına karşı geliştirilecek olan pamuk çeşitlerinin, geliştirilecek olan markırlarla hızlı taranmasını ve sonrasında solgunluğa karşı dayanıklı ve yüksek verimli çeşitlerin sertifikasyonu amaçlanmaktadır.